在9月16日下午召开的日本众参两院会议上，推选前官房长官菅义伟(自民党总裁)为日本第99任首相。与此同时，新首相菅义伟也于当日成立了由自民党与公明党组成的联合内阁。此次首相换届选举距2012年12月26日安倍晋三就任以来已时隔约7年9个月。
据悉，在此次首相指名选举中，自民与公明两党在众议院的314人、参议院的142人将票投给了菅义伟。在野党的立宪民主党、国民民主党、共产党等各党派则将票投给了立宪民主党代表枝野幸男。
菅义伟在众议院神奈川2区(横滨市西区、南区、港南区)的选举中曾8次当选，并在安倍前首相手下担任官房长官长达2822天，成为历代之最。在此次自民党总裁选举中，菅义伟通过声明“将继承安倍政权”而获胜。
在国会中接受首相指名后，菅义伟组建了新内阁，起用了安倍前首相的亲信，曾任官房副长官的前厚生劳动大臣加藤胜信接替自己成为内阁官房长官一职的人选。副首相兼财务大臣麻生太郎、外务大臣茂木敏充、文部科学大臣萩生田光一等人则继续连任。由此可见，新内阁成员的布局中，原安倍政权的阁僚们连任和调任引人注目。
另一方面，安倍首相在任职的最后1天，于16日进入首相官邸时，接受了记者的采访。在被问到心境如何时，安倍表示：“自自民党夺回政权以来，我在复苏经济以及为保护国家利益而进行的外交事宜中，每天都尽了全力。与国民一起挑战了各种各样的课题，这些都是令我骄傲的成就，为此表示衷心的感谢！”
