据日媒报道，关于全面恢复入境限制的问题，目前日本政府已经开始商讨，最快将于10月初恢复部分面向全世界的新入境政策。

虽自9月16日晚起，餐饮店等缩短营业时间的禁令已被解除，各店面可陆续恢复正常营业，但由于在疫情期间陷入经营困难的店面较多，要恢复到以往正常的营业状况似乎还需要一段时间。

自民党总裁菅义伟于9月16日在临时国会上被选为日本第99任首相，并成立了自民、公明两党组成的联合内阁。菅内阁“继承”安倍前政权的“衣钵”，副总理兼财务大臣麻生太郎等8名前阁僚则继续连任，同时也有职位调整以及重新入阁的情况。

日本新首相菅义伟内阁成立后，朝日新闻社于9月16至17日，以电话的方式进行了民意调查。调查结果显示，新内阁的支持率为65%，不支持率为13%。

9月17日，日本自民党干事长二阶俊博在演讲中表示，因为新冠疫情的原因，中国国家主席习近平的国宾访日被延期，“虽然日本与中国也有过较长的寒冬时代，但任谁看现在都是春天。由衷地希望访问可以在和气的氛围中得以实现。”

根据日本厚生劳动省公布的数据显示，截至9月15日的“老人日”，日本国内100岁以上高龄人士的数量达到了8万450人，首次超过了8万人。

在9月16日下午召开的日本众参两院会议上，推选前官房长官菅义伟(自民党总裁)为日本第99任首相。